農業農村部信息中心領導班子由主任、副主任和總工程師組成，內設12個處室，分別是辦公室、計劃財務處、研究與規劃處、通訊與網絡處、技術服務處、信息安全處、系統開發處、數據資源處、信息分析處、輿情監測處、網站運行處、信息服務處。

　　目前，農業農村部信息中心正立足于自身職能定位，從農業農村部系統和農業信息化全局的實際需要出發，致力于“三中心一基地”的發展愿景。即努力打造面向農業農村部系統的農業農村部電子政務技術中心、面向農業信息化一線的全國農業信息化促進中心和面向農業全產業鏈的國家農業大數據開發中心，同時積極推進將多年來積累的成熟技術向地方轉移，打造農業信息化孵化基地。